A fő oka annak, hogy San Giovanni Rotondo minden évben zarándokok millióit vonzza a világ minden tájáról, Pietrelcinai Szent Pio, más néven Pio atya. Ez a ferences szerzetes 1916-tól 1968-ig élt a városban, és stigmáiról, csodás gyógyulásairól és mély spirituális bölcsességéről vált híressé.
Kegyhelye, egy éteri modern bazilika, a modern szakrális építészet remekműve. A híres olasz építész, Renzo Piano által tervezett modern építmény Olaszország egyik legnagyobb szakrális komplexuma. A 2004-ben befejezett építményt úgy tervezték, hogy akár 6500 ember befogadására is alkalmas legyen belül és további 30 000 ember befogadására kívül. Egyedülálló futurisztikus kialakítású, kagylót vagy hullámokat idéző boltíves tetővel és belső térrel. Mark Ivan Rupnik gyönyörű mozaikjaival díszített, amelyek szentek életének pillanatait és bibliai jeleneteket ábrázolnak. A modern dizájn és a térbeli elrendezés miatt ez a bazilika mágnesként vonzza a zarándokokat és az építészet szerelmeseit egyaránt.
A bazilika közelében egy monumentális kereszt áll, amely messziről láthatóan magasodik a táj fölé. Ez a kereszt az áldozatvállalást és a hitet szimbolizálja, amely Padre Pio örökségéhez kapcsolódik. A bazilika közelében egy modern harangtorony is található, amely a komplexum része. A harangtorony egyszerű, de lenyűgöző kialakítású, amely illeszkedik a bazilika futurisztikus stílusához. A hatalmas harangok kongása fontos liturgikus eseményeket, miséket és zarándokünnepeket kísér. Hangjuk messzire elhallatszik, ünnepélyes és megnyugtató hangulatot kölcsönözve a helynek.
A bazilikától nem messze található a Santa Maria delle Grazie kolostor, ahol Pio atya misét celebrált és zarándokokat gyóntatott. Ép teste a kolostor kápolnájában van kiállítva, és a kegyes tisztelet tárgya.