Assisitől nem messze, a városhoz közeli erdőben állt a vélhetően a 6. században, Szűz Mária tiszteletére épült kápolna, amely eredetileg a Monte Subasió-i bencések tulajdonában állt, és amely Assisi Szent Ferenc korára egészen elhagyatottá vált. A terület, a kis földdarab, ahol a templomocska állt, a helyiek körében akkoriban portiuncula, azaz ’kicsinyke rész, darab’ néven volt ismert.
 
Amikor Szent Ferenc 1205 őszén a San Damiano-kápolnában a keresztről a megfeszített Krisztus szavát hallotta – „Ferenc, menj, és állítsd helyre házamat; mert látod, hogy egészen romokban hever” –, válaszul hozzáfogott, hogy saját kezével újítsa fel a Porciunkula romos kápolnáját, majd két másik apró templomot.
 
Itt telepedtek le az első testvérek, és 1211-ben itt öltötte magára a szerzetesi ruhát Assisi Klára is. Ferenc a kicsiny Angyalos Boldogasszony-kápolnát minden földi helynél jobban szerette, s itt fejezte be földi életét 1226. október 3-án.
 
Az Angyalos Boldogasszony-kápolna fölé 1569 és 1679 között hatalmas, a nagy számban érkező zarándokokat is fogadni képes, háromhajós bazilikát emeltek, Giacomo Barozzi da Vignola olasz építész tervei szerint. Máig ez a hely a ferences rend anyaháza.